主航道黄河以北段为三级航道265公里、黄河以南段(含湖西航道)为二级航道324公里;重要支线航道包括大清河航道、新万福河航道等8条航道，等级均为三级，总长376.8公里;沿线主要进港航道共9条，等级均为二级，总长52.1公里;其余一般航道492.5公里。至2015年底，山东省通航里程达到1150公里，其中主航道济宁市至苏鲁界段湖东线建成三级航道178公里，湖西航道为六级航道52公里，其余900公里均为等级较低的支线航道。在建航道项目有新万福河航道等项目3个，在建微山、韩庄和万年复线船闸3座。

　　港口方面，济宁港规划建设主城港区等8个港区、26处作业区，枣庄港规划建设台儿庄港区等4个港区、6处作业区，菏泽港规划建设巨野港区等4个港区、10处作业区，泰安港规划建设东平港区等1个港区、3处作业区。目前，已建成济宁、枣庄、菏泽三个港口，泰安港在建，拥有济宁港主城港区跃进、龙拱、太平作业区等一批现代环保新型港口作业区，拥有生产性泊位276个，通过能力达到4567万吨，2015年港口吞吐量完成7920万吨。

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