从2006年起，商河县开始大规模建设沼气池。目前，全县已建成农村户用沼气池1.5万多户，打造沼气示范村50多个，完善村级沼气服务网点67个，建设1000立方米大型沼气池1处，各类中小型沼气池30处，发展“三沼”综合利用示范基地4处。通过建设各类沼气工程，畜禽粪便得到充分利用，减少了污染，农户生活水平得到提高，同时也推动了全县生态循环农业的快速发展。

　　在商河，大型沼气工程绝对称得上是亮点。济南绿源种猪繁育有限公司大型沼气工程是2009年国家新增大型沼气工程项目，可日处理污水20吨，处理鲜粪25吨。年产沼气36.5万立方米，年产沼渣肥3000吨，沼液肥1.3万吨。

　　在做好沼气池建设的同时，商河县也努力做好沼渣、沼液综合利用工作，通过发展“畜沼果”、“畜沼菜”为主的生态循环模式，实现经济、环境的协调发展。目前，已建设完成“三沼”综合利用示范基地4处，分别是农业科技示范园、绿满园蔬菜种植有限公司、绿泉丰园设施农业特色品牌基地、郑路设施蔬菜特色品牌基地。其中农业科技示范园内建有中小型沼气池13个，总容积达600多立方米，主要发展模式为“畜沼菜”，通过使用沼渣、沼液，示范园内种植的韭菜、香椿、樱桃、草莓等产量高、口感佳，经济效益十分明显。